La figure juridique de la prélature personnelle fait son apparition au concile Vatican II (1962-1965), pour répondre aux défis pastoraux actuels, insuffisamment pris en compte par les circonscriptions ecclésiastiques existantes (diocèses, vicariats apostoliques, préfectures apostoliques, prélatures territoriales, etc.). La distinction des circonscriptions ecclésiastiques peut être déterminé par d’autres critères que le territoire, comme la langue, le rite liturgique, etc. Dans sa sollicitude pour toutes les Églises, l’autorité ecclésiastique crée ainsi de nouvelles structures hiérarchiques, toujours en accord avec son noyau constitutionnel immuable.
Dans un premier temps, les Pères du concile Vatican II ont envisagé la prélature personnelle à partir du modèle de la Mission de France, en tant que structure de pastorale spécialisée (fournir un clergé missionnaire aux diocèses de France pauvres en prêtres). Mais ils s’en sont écartés par la suite, pour dessiner une figure nouvelle qui permette " non seulement une répartition adaptée des prêtres, mais encore des activités pastorales particulières pour les différents milieux sociaux à l’échelle d’une région, d’une nation ou du monde entier ". Ils ont estimé, en effet, qu’il " pourra être utile de créer à cette fin des séminaires internationaux, des diocèses particuliers ou des prélatures personnelles, et d’autres institutions du même genre ". Ces entités pourront soit incardiner soit recevoir des prêtres " pour le bien commun de toute l’Église " (telle est la raison de l’érection par le Saint-Siège de semblables institutions), " suivant des modalités à établir dans chaque cas " et, précision importante, " toujours dans le respect des droits des ordinaires locaux " (décret Presbyterorum Ordinis).
Paul VI prend des normes pour l’application de ce décret. Après avoir traité de la répartition du clergé, il dispose, " d’autre part ", que le Saint-Siège peut ériger des entités juridictionnelles à caractère personnel de droit commun, ayant un prélat et un clergé propre et séculier, créées en vue d’" œuvres particulières, pastorales ou missionnaires, en faveur de diverses régions ou groupes sociaux ayant besoin de secours spéciaux ". Outre la consultation des conférences des évêques concernées par le travail apostolique de ces prélatures, Paul VI rappelle que les droits des ordinaires des lieux doivent être respectés.
La mise en application du concile se traduit aussi par le fait que " rien n’empêche que des laïcs, célibataires ou mariés, ayant passé des conventions avec la prélature, s’adonnent au service des œuvres et des initiatives de celle-ci avec leur compétence professionnelle ".
Ultérieurement, la réorganisation de la curie romaine, opérée par Jean Paul II, en 1988, place les prélatures sous la responsabilité de la sacrée congrégation pour les évêques, seule compétente pour la configuration des structures hiérarchiques de l’Église latine et pour la nomination de leur prélat.
Des travaux de révision du code - réalisés conformément à ce que le concile avait disposé et aux normes d’application du concile - il est possible d’extraire les traits suivants : a) tout au long des schémas successifs de rédaction du code de droit canonique de 1983, les prélatures personnelles figurent parmi les structures hiérarchiques de droit commun de l’Église ; b) elles doivent faire face aux besoins pastoraux ordinaires des fidèles courants ; c) elles ne sont jamais considérées comme des Églises particulières. Mais, comme elles coïncident sur bien des points avec les normes relatives aux Églises particulières (prélat propre, clergé et laïcat propre, incardination de clercs), le législateur a eu recours à la technique de l’équiparation juridique pour leur appliquer les mêmes normes là où il y a adéquation ; d) elles ne sont jamais pensées comme des phénomènes associatifs.
Ces éléments se retrouvent dans le code de droit canonique de 1983, promulgué par Jean Paul II, où la nouvelle figure juridique occupe une place autonome (c. 294-297) afin de mieux manifester que la prélature personnelle n’est pas une Église locale. Les prélatures personnelles sont instituées par le Siège apostolique pour assurer une meilleure répartition du clergé, ou pour réaliser des tâches pastorales ou missionnaires particulières en faveur de diverses régions ou de divers groupes sociaux (c. 294). L’insertion harmonieuse dans la pastorale des Églises particulières est garantie par la consultation préalable des conférences des évêques intéressés que réalise le Saint-Siège, ainsi que par les dispositions des statuts propres à chaque prélature qui doivent déterminer les rapports de celle-ci avec les ordinaires des Églises particulières où elle accomplit ou souhaite accomplir ses activités apostoliques, ce qu’elle ne fait qu’avec l’accord des ordinaires des lieux en question (c. 297).
Ces statuts sont établis au cas par cas par le Saint-Siège (c. 295). L’autorité suprême peut ainsi déterminer la finalité qui, selon elle, répond aux exigences actuelles de la pastorale organique de l’Église universelle et des Églises locales. Elle souligne aussi le caractère de structure juridictionnelle de la prélature personnelle.
Non nécessairement revêtu de la dignité épiscopale, le prélat en est l’ordinaire propre (c. 295 § 1). Il a le droit d’ériger un séminaire, d’en appeler les élèves aux ordres et de les incardiner au service de la prélature (c. 295 § 1). De plus, des fidèles peuvent coopérer organiquement aux tâches de la prélature, moyennant des conventions bilatérales et selon les dispositions des statuts (c. 295 § 2). Le prélat exerce le pouvoir de gouvernement selon le droit général et les statuts ou droit particulier, à l’égard du clergé de la prélature - qui relève directement de lui - et des fidèles laïcs qui y sont incorporés, envers lesquels ce pouvoir est limité aux matières qui font l’objet de la convention passée entre la prélature et le fidèle. Selon la nature de la prélature personnelle, la juridiction du prélat pourra porter sur les mêmes matières que celle de l’évêque diocésain ou sur des matières différentes : dans le premier cas, la juridiction est dite cumulative, juxtaposée dans le second, comme pour la Prélature de la Sainte-Croix et Opus Dei, la première prélature personnelle érigée par le Saint-Siège. Enfin les prélatures personnelles relèvent de la congrégation pour les évêques.