Jean, le cousin de Jésus, administrait un baptême de repentir. Jésus a voulu le recevoir (cf. Matthieu 3, 13-17 ; Marc 1, 9-11 ; Luc 3, 21-22). « Une fois baptisé, Jésus sortit aussitôt de l’eau. Voilà que les cieux s’ouvrirent pour lui, et il vit l’Esprit de Dieu qui descendait comme une colombe et venait sur lui. Alors une voix qui venait des cieux disait : « Celui-ci est mon Fils bien-aimé, qui a toute ma faveur » (Matthieu 3, 16-17).
Le baptême chrétien est radicalement différent du baptême de Jean : « Par le baptême de la Nouvelle Loi les hommes sont baptisés intérieurement par le Saint-Esprit, c’est là une action propre à Dieu. Par le baptême de Jean, seul le corps était purifié par l’eau » (saint Thomas d’Aquin, Somme théologique III, q. 38 a. 2 ad 1). Quand Jésus dit à Jean-Baptiste : « Il convient que nous accomplissions ainsi toute justice » (Matthieu 3, 15), le mot « justice » renvoie au plan de Salut. Jésus veut être baptisé par Jean pour accomplir la volonté et les desseins salvifiques de Dieu son Père. Le même Jean-Baptiste annonce la venue après lui « de celui qui est plus puissant que moi. […] Moi, je vous ai baptisés dans l’eau ; mais lui, il vous baptisera dans l’Esprit Saint » (Marc 1, 7-8). Son témoignage est encore plus explicite quand, le lendemain du baptême du Seigneur, il le voit venir et dit à ses propres disciples, Jean et André, qui deviendront des apôtres : « Voici l’Agneau de Dieu, qui va enlever le péché du monde. […] Et moi, je ne le connaissais pas. Mais celui qui m’a envoyé baptiser dans l’eau, celui-là m’avait dit : Celui sur qui tu verras l’Esprit descendre et demeurer, c’est lui qui baptise dans l’Esprit Saint. Et j’ai vu de mes yeux et j’atteste que c’est lui le Fils de Dieu » (Jean 1, 29.33-34).
Certes, le rite matériel du baptême existe, mais Jésus, en se faisant baptiser, institue le baptême chrétien. Il donne l’ordre à ses apôtres de baptiser toutes les nations « au nom du Père et du Fils et du Saint-Esprit » (Matthieu 28, 19), ce qu’ils commencent à se faire dès le jour de la Pentecôte, où « trois mille personnes environ » (Actes 2, 41) le reçoivent. Cette pratique est donc courante et généralisée dès le premier jour. Le diacre Philippe administre ce sacrement à des habitants de Samarie puis à un haut fonctionnaire éthiopien (cf. Actes 8, 12-13 ; 36-38). Pierre baptise le centurion Corneille, sa famille et ses amis (cf. Actes 10, 47-18). Saül, le futur saint Paul, est baptisé à Damas (cf. Actes 9, 18), etc. Lui-même administre le baptême et en développe abondamment la signification doctrinale. Il n’est qu’un seul Seigneur, une seule foi, un seul baptême » (Éphésiens 4, 5), baptême qui donne l’Esprit « à titre d’arrhes » (2 Corinthiens 1, 22) de la vie éternelle. L’âme y « a revêtu le Christ » (Galates 3, 27). « Ensevelis avec lui par le baptême, en lui aussi et avec lui vous êtes ressuscités par la foi que vous aviez en la force de Dieu qui l’a ressuscité des morts » (Colossiens 2, 12). « C’est en sa mort [du Christ] que nous avons été baptisés » (Romains 6, 3).