À la charnière des deux Alliances, Jean-Baptiste prêche la conversion et administre un baptême de pénitence, mais qui n’a pas le pouvoir de remettre les péchés. Or, le péché fait tellement partie de l’existence humaine que le Seigneur nous a appris à prier son Père en lui demandant : « Pardonne-nous nos péchés comme nous pardonnons à ceux qui nous ont offensés » (Notre Père ; cf. Luc 11, 4). « La réconciliation est devenue nécessaire parce qu’il y a eu la rupture du péché, d’où ont découlé toutes les autres formes de rupture au cœur de l’homme et autour de lui. La réconciliation, pour être totale, exige donc nécessairement la libération par rapport au péché, celui-ci étant refusé jusque dans ses racines les plus profondes. C’est pourquoi un lien interne étroit unit conversion et réconciliation : il est impossible de séparer ces deux réalités, ou de parler de l’une sans l’autre » (Jean-Paul II, exhortation apostolique Réconciliation et pénitence, n° 4).
La nouvelle Alliance de Dieu avec les hommes s’est réalisée par le don qu’il a fait de son propre Fils, Jésus-Christ, qui est venu « rechercher et sauver ce qui était perdu » (Luc 19, 10). Comme saint Jean l’explique (3, 16-17), « Dieu a aimé le monde au point de donner son Fils unique pour que tous ceux qui croient en lui ne périssent pas, mais aient la vie éternelle ». « Nous traînons à l’intérieur de nous-mêmes, comme une conséquence de notre nature déchue, un principe d’opposition, de résistance à la grâce : ce sont les blessures du péché originel, que nos péchés personnels viennent raviver. […] Le Christ, qui nous a pardonné sur la Croix, continue de nous offrir son pardon dans le sacrement de la Pénitence, et à tout moment nous avons comme avocat auprès du Père Jésus-Christ, le Juste. C’est lui qui est victime de propitiation pour nos péchés, non seulement pour les nôtres, mais aussi pour ceux du monde entier (Jean 2, 1-2), afin que nous remportions la victoire » (saint Josémaria, Amis de Dieu, n° 214).
Au cours de ses trois années de vie publique, Jésus-Christ exerce le « ministère de la réconciliation ». Il accueille les pécheurs et leur pardonne leurs péchés : « Confiance, mon fils, tes péchés te sont remis » (Matthieu 9, 2) ; « Voyant leur foi, il dit : « Amis, tes péchés te sont remis ! » (Luc 5, 20) ; « Ses nombreux péchés lui sont pardonnés, puisqu’elle a montré beaucoup d’amour » (Luc 7, 47), etc. En même temps, Jésus n’hésite pas à admettre des pécheurs à sa table ou à répondre à l’invitation de pécheurs à venir chez eux : Zachée (Luc 19, 1-10), Lévi, le futur Matthieu (Luc 5, 27-32), etc. C’est une attitude que les Pharisiens et les scribes lui reprochent : « Il fait bon accueil aux pécheurs, et il mange avec eux ! » (Luc 15, 2).
Jésus laisse « à ses disciples le tracé de tout un itinéraire de réconciliation » (Catéchisme des évêques de France, n° 433) : « Si ton frère a commis un péché, va lui parler seul à seul et montre-lui sa faute. S’il t’écoute, tu auras gagné ton frère. S’il ne t’écoute pas, prends encore avec toi deux ou trois personnes afin que toute l’affaire soit réglée sur la parole de deux ou trois témoins. S’il refuse de les écouter, dis-le à la communauté de l’Église ; s’il refuse encore d’écouter l’Église, considère-le comme un païen et un publicain. Amen, je vous le dis : tout ce que vous aurez lié sur la terre sera lié dans le ciel, et tout ce que vous aurez délié sur la terre sera délié dans le ciel » (Matthieu 18, 15-18).
À la fin de sa vie, le Seigneur accepte d’être livré aux Juifs et aux Romains et de mourir sur la Croix. Il verse son sang « pour beaucoup en vue de la rémission de leurs péchés » (Matthieu 26, 28). Puis, une fois ressuscité, il donne à ses apôtres le pouvoir de pardonner les péchés en son nom : « Recevez l’Esprit Saint. Les péchés de ceux à qui vous les remettrez leur seront pardonnés ; ils seront retenus à ceux à qui vous les retiendrez » (Jean 20, 23). Saint Paul rendra témoignage de ce pouvoir : Dieu « nous a réconciliés avec lui-même par le Christ et nous a confié le ministre de la réconciliation » (2 Corinthiens 5, 18). Ce pouvoir est transmis aux prêtres par le sacrement de l’ordre.